โรงเรียนเทคโนโลยีฐานวิทยาศาสตร์ได้ มีความร่วมมือทางการศึกษาจากหน่วยงานหลักและหน่วยงานที่ให้การสนับสนุน ทั้งภาครัฐและเอกชน ดังนี้

หน่วยงานหลัก

• กระทรวงศึกษาธิการ โดย สำนักงานคณะกรรมการการอาชีวศึกษา
• กระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี โดย สำนักงานคณะกรรมการนโยบายวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยีและนวัตกรรมแห่งชาติ(สวทน.)
• (ในระยะแรกสำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ(สวทช.)ได้รับมอบหมายจากกระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ให้ดูแลและสนับสนุนโครงการโรงเรียนเทคโนโลยีฐานวิทยาศาสตร์ ต่อมาทางกระทรวงได้เปลี่ยนให้ สวทน. เป็นผู้ให้การดูแลและสนับสนุนแทน)
• กระทรวงอุตสาหกรรม โดย การนิคมอุตสาหกรรมแห่งประเทศไทย

หน่วยงานที่ทำความร่วมมือ(MOU)

• มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
• มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลธัญบุรี
• มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีสุรนารี
• สถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าเจ้าคุณทหารลาดกระบัง
• สถาบันไทย-เยอรมัน
• นิคมอุตสาหกรรมอมตะนคร

หน่วยงานที่ให้การสนับสนุน

• จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
• มหาวิทยาลัยบูรพา

ซึ่งให้การสนับสนุนด้านต่างๆ รวมถึงการพัฒนาหลักสูตรระดับประกาศนียบัตรวิชาชีพ ของโรงเรียนเทคโนโลยีฐานวิทยาศาสตร์นำร่อง ที่มีการเรียนการสอนแบบบูรณาการในลักษณะของ Project-based learning and teaching ที่มุ่งเน้นสร้างทักษะในการแก้ปัญหาและสร้างสรรค์สิ่งใหม่ๆ รวมถึงให้การสนับสนุนบุคลากรผู้สอน และโอกาสในการศึกษาต่อระดับอุดมศึกษา โดยมีผู้ที่เกี่ยวข้องในการสนับสนุนผลักดัน การดำเนินงานต่างๆ อาทิ

ดร.พิเชฐ ดุรงคเวโรจน์

• เลขาธิการสำนักงานคณะกรรมการนโยบายวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยี และนวัตกรรมแห่งชาติ กระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
• กรรมการอำนวยการโครงการจัดตั้งโรงเรียนเทคโนโลยีฐานวิทยาศาสตร์

คุณบงกช สืบสัจจวัฒน์

• นักวิจัยนโยบายอาวุโส ฝ่ายกำลังคน

สำนักงานคณะกรรมการนโยบายวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยี และนวัตกรรมแห่งชาติ กระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี

• กรรมการและผู้ช่วยเลขานุการ (ผู้แทนสำนักงานคณะกรรมการนโยบายวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยี และนวัตกรรมแห่งชาติ)

ในคณะกรรมการอำนวยการโครงการวิทยาลัยเทคโนโลยีฐานวิทยาศาสตร์

รศ.ดร.สมชาย จันทร์ชาวนา

• ประธานกรรมการวิชาการโครงการโรงเรียนเทคโนโลยีฐานวิทยาศาสตร์